「回顧過去多年，政府對財政預算的預測有多少年是準確的？......究竟是堆砌出來還是真實的情況？......政府也可透過撥款到不同的基金達到目的，因為這些小金庫可以減低當年會計帳目上的盈餘或加大赤字。」——2010年4月15日，陳茂波作為立法會會計界議員，在辯論財政司司長曾俊華的《財政預算案》時批評當局透過基金藏富。
「有些基金的收入並不列入政府每年的帳目，市民難以全面理解這些基金的實際財務狀況以及在公共開支中的作用......當局有否定期檢討上述基金的成效，以及更新成立目的、就是否達到成立基金的目的而設定指標和時間表？」——2011年12月14日，陳茂波以立法會議員的身份，就基金事宜向財經事務及庫務局局長陳家強提出質詢。
「在政府帳目外為特定目的設立基金，現時這類基金共有42個，總結餘近1,800億元......這些種子基金有不同的監管架構和投資策略，鎖起了巨額公共財政資源。」——2025年2月26日，已經做了8年財政司司長的陳茂波，在五年五度財赤之下，宣布從6個種子基金回撥620億元至政府帳目，並要求檢視其他基金的財務安排。
事實上，陳茂波就任特區財金官員之首以來，已經多次透過不同政府基金轉撥款項至政府帳目，累計金額達到7,597億元。從一方面看，他確實釋放了部分公共財政資源，但能否用得其所就另當別話了；而另一方面，很多基金仍然被放任於政府帳外，長期存在指標未明、成效不彰、久未檢視等等問題，持續壓抑公共財政的可用空間。

《財政預算案》總會重申「量入為出」，但實際上更傾向是「限入為出」，透過不同財務安排自我催眠「因為『口袋很少錢』，所以『開支不能多』」，根本未能善用公共財政發展經濟、改善民生。「基金」就是特區政府慣用的財政手段，目前把數千億元資金存放於42個政府基金當中，即9個「核心基金」、5個「營運基金」、以及28個「特定目的基金」（見下表）。這些基金擁有高度自主權和靈活性，部份更被設於政府帳目之外，故被視為政府的「小金庫」，但也變相壓縮了公共財政的可用空間；而且，它們毋需向公眾披露太多資料，所以外界難以掌握公共財政的全貌，甚至低估了特區政府的富裕程度。

過去15年，立法會不下10次談及這些政府基金，試圖揭開龐大資金的神秘面紗，最早更是2010年由陳茂波以立法會會計界議員的身份，在辯論《財政預算案2010-2011》時提出。

當時陳茂波批評財政司司長曾俊華，只懂過度累積財政盈餘，並且透過不同基金藏富於府，甚至利用撥出或回撥基金款項的手段去堆砌盈餘或赤字，卻不願意靈活運用公共財政幫助弱勢社群。翌年，陳茂波再向財經事務及庫務局質詢政府帳外基金的資產、成效和檢視進度，但局方只是行禮如儀地回應指「設有指標」、「恆常監察」、「不時檢討」，再提供一堆沒有統一規範的數據。往後的討論也是如此，而有關基金仍然未被有效運用。

9個核心基金的資產總值最多，其中8個和由稅收、差餉、物業及投資等收入組成的「一般收入帳目」，共同構成「財政儲備」，用以支付政府日常開支。截至3月底，財政儲備將為6,474億元，當中近5,000億元就是8大基金的結餘。外界對於核心基金主要有兩大質疑：第一，有些基金是幾乎不可能用到的儲備金，例如為了應對萬一政府突然窮到未能透過一般收入支付公務員退休金而設的「公務員退休金儲備基金」，但財政司司長未有全面檢視儲備金效用，也未能積極運用法定權力回撥基金餘額至一般收入帳目；第二，財政儲備存放於投資策略相當保守的「外匯基金」，每年只有很少投資收益撥入政府「非經營帳目」。同樣以公務員退休金儲備基金為例，結餘579.29億元，但僅撥入庫房20.72億元。

5個營運基金則是為了協助政府部門提升服務質素而設立的資金，以自負盈虧方式運作，並有責任達致財政司司長所訂明的固定資產目標回報率；而特區政府則可在考慮按收回資本成本原則將上年度目標回報轉撥至政府一般收入帳目。不過，5個營運基金的規模和回報相當有限，截至2022年只有286.79億元，此前4年間所回撥庫房的收入累計也只有9.42億元。其中，去年結餘為84.09億元的「郵政署營運基金」，連續多年未能實現回報目標，而且近五年連年虧損介乎0.77億元至2.44億元，無法貢獻庫房。曾有立法會議員問及當局會否檢討郵政基金運作模式，也有審計報告指出郵政署應該研究改善盈利能力，更有前郵政助理署長提倡根據市場需求轉變進行改革，但當局未有積極跟進，任由公帑消耗。

28個由個別政策局及部門直接成立和管理的特定目的基金，其成立的依據、目的、資金來源、金額多少、營運模式、成效指標、監察制度都各有不同，所能夠查閱的公開資料亦沒有統一規範，外界實在難以客觀評核有關公帑是否用得其所、又應否納入政府帳目。例如，根據《肺塵埃沉着病（補償）條例》成立的「 肺塵埃沉着病補償基金」，由公營機構「肺塵埃沉着病補償基金委員會」負責管理，經委員會年報披露帳項；不過，最新年報已經要追溯至3年前的2022年年底，當時基金結餘為30.92億元。又如，由政府先後撥款22億元予發展局、再由發展局委託建造業議會執行的「建造業創新及科技基金」，旨在資助業界進行創科研究項目；不過，該基金沒有發表獨立年報或財報，要翻查建造業議會年報才能得悉基金的財務狀況，截至2023年年底銀行存款結餘為18.04億元。再如，自2009年由政府撥款180億元成立、以支持受教資會資助院校研究工作的「研究基金」，經過多次注資和投資收入，截至2023年年底結餘竟然多達523.78億元，成效可見一斑。

早在擔任立法會議員時期，陳茂波就深知那些基金為人詬病之處，而他自2017年出任財政司司長以來，確實致力轉撥基金款項至政府帳目。然而，當政府可用的錢多了，卻不代表政府的錢用得對了。

他早就說不應利用基金堆砌財政盈餘或赤字——但在2019年，他宣布把前任財爺曾俊華於2014年利用財政儲備投資收益成立、累計結餘達到824億元的「房屋儲備金」，分4年回撥至庫房，作為「投資收入」。當時不少聲音質疑陳茂波蕭規曹隨，利用會計伎倆回撥基金轉虧為盈，而他也承認，該筆款項令2019/2020年度預計有168億元的綜合盈餘。

他也早就說應該檢討基金成效、釋放公共財政資源——但直到今天，儘管他預計42個政府帳外基金的結餘接近1,800億元，但他也只能從6個較大規模的種子基金（只利用其投資收益應付開支的基金）回撥620億元；至於其他基金，他則像他當年所質詢的官員那般，行禮如儀表示「會要求相關政策局檢視其他種子基金的財務安排」，然後不知有沒有然後。

他更早就說應該善用公帑幫扶弱勢群體——但回望他任內最常見的「幫扶」之舉，就是不管經濟順境或逆境、無論財儲豐厚或急降，竟然四度撥款合共2,060億元進行貧富所得均一的「全民派錢」，變相導致「富者越富」；而近幾年面對動輒千億財赤的壓力，他竟提出增加公共服務收費、削減社會福利開支、限制長者2元乘車優惠，直接向弱勢開刀。

他甚至早就說應該改革財政儲備投資以幫助新興產業發展——但他即使連任三屆政府的財金官員之首，也無法打破「外匯基金」的保守求穩作派，更加未能大膽設立專屬於香港特區的「主權財富基金」，而是從「未來基金」撥款成立「香港增長組合」，再整合「大灣區投資基金」、「策略性創科基金」、「共同投資基金」等基金成立「香港投資管理有限公司」，冀能搶佔硬科技、生命科技及新能源科技賽道；但是，資金規模只有620億元。

計及房屋儲備金的907億元、基本工程儲備基金的4,040億元、土地基金的1,880億元、防疫抗疫基金的150億元、以及6大種子基金的620億元，陳茂波合共回撥7,597億元至政府帳目。然而，財政資源被釋放了，但財政結構沒有被改革，利益藩籬沒有被打破，政商關係沒有被重構，分配機制沒有更平等，新興產業沒有更興旺，經濟發展沒有更繁榮，市民生活也沒有更美好。而儘管港府叫窮，但外匯基金總帳面資產仍然多達4.1萬億元，扣除貨幣基礎後也仍有7,624億元可以動用的累計盈餘，而政府帳內也還有6,747億元用以應付日常的財政儲備——這不禁令人聯想起昔日陳茂波作為代議士的拷問——「單看這些數字，香港人應該感到很幸福，但為何社會上的怨氣這麼厲害？」——「我真的希望特區政府可改善一下，不要再墨守成規，否則，實在是對不起香港人。」